QUETZAL : API OPEN-SOURCE POUR LA GESTION DES BIO-DONNÉES

Développer et rendre accessibles une nouvelle génération de logiciels permettant la collecte et la manipulation de données riches (multimodales) en machine learning avec des exigences de niveau clinique et recherche.

Enjeu

L’émergence croissante de nouvelles technologies permettant de quantifier des aspects toujours plus variés et profonds du fonctionnement humain (comportement, physiologie, mesures biomédicales, etc.) s’accompagne d’une montée en complexité et en volumétrie des bases de données de biosignaux. De plus, les enjeux éthiques sur la protection des données à caractère personnel, associés à une réglementation stricte encore renforcée par l’entrée en application du nouveau Règlement Général sur la Protection des Données (“RGPD”), imposent un haut niveau de transparence, de traçabilité et de sécurité sur leur collecte, leur stockage et leur utilisation. Par conséquent, la gestion des bio-données devient de plus en plus ardue et impose des infrastructures logicielles lourdes qui nécessitent une expertise d’ingénierie pointue pour être maîtrisées.

Afin de répondre à ces enjeux, nous avons décidé de contribuer à l’élaboration de Quetzal, une plateforme logicielle libre pour la gestion des données et métadonnées. Objectif : accélérer la R&D sur le fonctionnement humain en mettant à disposition de l’écosystème académique et industriel un outil moderne indispensable au maintien d’un haut niveau d’exigence sur la gestion des données biologiques à caractère personnel.

Plateforme logicielle libre pour la gestion de bases de bio-données

Quetzal (abréviation de Quetzalcóatl: le serpent à plumes) est une application moderne conçue pour aider les équipes de R&D à organiser leurs fichiers de données et métadonnées. Cette API RESTful offre les fonctionnalités principales suivantes:

  • Gestion de bases de données stockées sur le Cloud, ce qui permet de bénéficier de toutes les fonctionnalités du fournisseur, comme une volumétrie pratiquement infinie.
  • Format de métadonnées non-structurées associées à chaque fichier, ce qui offre une liberté totale pour adapter la structure des métadonnées à chaque cas d’usage.
  • Exploration efficace et avancée des données en exploitant Postgres SQL. Les métadonnées non-structurées peuvent être requêtées comme de simples objets JSON pour extraire virtuellement n’importe quel sous-ensemble de la base.
  • Versioning de métadonnées, particulièrement utile pour garantir que toutes les données puissent être récupérées avec exactitude, même si leur structure évolue.
  • Implémentation conforme à la spécification OpenAPI v3 pour une ingénierie et maintenance transparente et durable de l’API.

Références

Quetzal est disponible gratuitement sur https://github.com/quetz-al

Cette plateforme logicielle de gestion de données a déjà été déployée auprès de plusieurs partenaires académiques et industriels. Open Mind Innovation offre des services de conseil et une assistance dédiée. Contactez-nous (support@quetz.al) pour échanger sur votre projet !